Moleküldynamikrechnungen für Peptide in Dimethylsulfoxid: Eliminierung von Vakuumeffekten

Authors


  • Diese Arbeit wurde von der Deutschen Forschungsgemeinschaft und dem Fonds der Chemischen Industrie gefördert.

Abstract

Die experimentell nicht belegten γ-Schleifen in cyclischen Hexapeptiden findet man auch in Moeküldynamiksimulationen nicht mehr, wenn diese unter Berücksichtigung eines umgebenden Lösungsmittels statt unter der Annahme von Vakuum durchgeführt werden. In dieser Arbeit wurde die durch Simulation im Vakuum erhaltene Struktur anschlielßend für Dimethylsulfoxid als Lösungsmittel weiter simuliert. Dabei verschwanden die beiden ursprünglich erhaltenen γ-Schleifen, und nur die experimentell belegten β-Schleifen blieben übrig. Diese Befunde zeigen, daß bei MD-Simulationen von Peptidkonformationen in Lösung das Lösungsmittel explizit berücksichtigt werden sollte.

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