NMR Spectroscopic Determination of the Solution Structure of a Branched Nucleic Acid from Residual Dipolar Couplings by Using Isotopically Labeled Nucleotides

Authors

  • Bernd N. M. van Buuren Dr.,

    1. Unilever Research & Development, Olivier van Noortlaan 120, 3133AT Vlaardingen, The Netherlands
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  • Jürgen Schleucher Dr.,

    1. Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Umeå University, S-90187 Umeå, Sweden
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  • Valentin Wittmann Dr.,

    1. Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt/M. Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie, Marie-Curie-Strasse 11, 60439 Frankfurt/M., Germany
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  • Christian Griesinger Prof. Dr.,

    1. Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Am Fassberg 11, 37077 Göttingen, Germany
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  • Harald Schwalbe Prof. Dr.,

    1. Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt/M. Zentrum für Biomolekulare Magnetische Resonanz, Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie, Marie-Curie-Strasse 11, 60439 Frankfurt/M., Germany
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  • Sybren S. Wijmenga Prof. Dr.

    1. Laboratory of Physical Chemistry-Biophysical Chemistry, University of Nijmegen, Toernooiveld 1, 6225ED Nijmegen, The Netherlands, Fax: (+31) 24-3652112
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  • This work was supported by grants from the Kempe Minne Foundation (BVB), the Swedish National Research Council (SW), Bioteknik Medel Umeå University (SW), the DFG (GR1211/2-4, En111/11-3) (C.G., H.S.), the Karl Winnacker foundation (H.S.), and the European LSF for Biomolecular NMR (ER-BCT950034). We thank Janny Hof for critical reading of the manuscript.

Abstract

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Zur Bestimmung der globalen Struktur verzweigter Nucleinsäuren bedarf es nur weniger Magnetfeld-induzierter dipolarer Restkopplungen. Dies wird nach 13C-Markierung der Ribose spezifischer Thymin-Reste am Beispiel der Holliday-Kreuzung gezeigt (siehe Bild). Genaue Berechnungen der Magnetfeld-induzierten Ausrichtungstensoren jeder Nucleinsäurenkonformation machen die Verminderung der Parameterzahl möglich.

Ancillary