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A Protein-Driven DNA Device That Measures the Excess Binding Energy of Proteins That Distort DNA

Authors


  • We thank Dr. Paul Rothemund, Dr. Bruce Demple, and Dr. Alexander Vologodskii for valuable suggestions, and Dr. John SantaLucia for generously giving us prepublication estimates of stacking free energies. This research has been supported by grants GM-29554 from NIGMS, N00014-98-1-0093 from ONR, grants DMI-0210844, EIA-0086015, DMR-01138790, and CTS-0103002 from the NSF, F30602-01-2-0561 from DARPA/AFSOR to N.C.S. and GM-055392 from NIGMS to S.D.G.

Abstract

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Eine nanomechanische DNA-Maschine besteht aus zwei tripelhelicalen DNA-Motiven und einer konventionellen DNA-Sequenz mit einer Bindungsstelle für den Integration Host Factor (IHF, im Bild als grüne Ellipse dargestellt). Bindet IHF an diese Einheit, so resultiert eine deutliche Abwinklung, die durch resonanten Fluoreszenzenergietransfer zwischen einem Donor(D)- und einem Acceptor(A)-Farbstoff untersucht werden kann.

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