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Are NMR-Derived Model Structures for β-Peptides Representative for the Ensemble of Structures Adopted in Solution?

Authors


  • We thank Prof. D. Seebach for challenging us to simulate the behavior of the peptide and Dr. K. Gademann for providing us with the 20 NMR model structures. Financial support from the Schweizer Nationalfonds (project number 2000-063590.00) and from the National Center of Competence in Research (NCCR) in Structural Biology of the Swiss National Science Foundation is gratefully acknowledged.

Abstract

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Gleicher Datensatz, verschiedene Strukturen: Zwei Methoden zur Interpretation von NMR-Daten eines β-Hexapeptids werden verglichen. Während die Methode der simulierten Kühlung auf eine (P)-28-Helix hinweist, zeigen die nicht eingeschränkten MD-Simulationen, dass die NMR-Daten auch durch ein breiteres Strukturensemble beschrieben werden können, das einen signifikanten Anteil an (P)-2.512-helicalen Strukturen aufweist (siehe Diagramm).

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