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Biomolekulare Modellierung: Ziele, Probleme, Perspektiven

Authors

  • Wilfred F. van Gunsteren Prof. Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Dirk Bakowies Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Riccardo Baron,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Indira Chandrasekhar Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Markus Christen,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Xavier Daura Prof. Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
    2. ICREA, Institute of Biotechnology and Biomedicine, Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Barcelona, Spanien
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  • Peter Gee Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Daan P. Geerke,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Alice Glättli Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Philippe H. Hünenberger Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Mika A. Kastenholz,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Chris Oostenbrink Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
    2. Pharmaceutical Sciences/Pharmacochemistry, Vrije Universiteit, De Boelelaan 1083 P262, 1081 HV Amsterdam, Niederlande
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  • Merijn Schenk Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Daniel Trzesniak,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
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  • Nico F. A. van der Vegt Dr.,

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
    2. Max-Planck-Institut für Polymerforschung, Ackermannweg 10, 55128 Mainz, Deutschland
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  • Haibo B. Yu Dr.

    1. Laboratorium für Physikalische Chemie, Eidgenössische Technische Hochschule, 8093 Zürich, Schweiz, Fax: (+41) 44-632-1039
    2. Department of Chemistry, University of Wisconsin, 1101 University Ave, Madison, WI 53706, USA
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Abstract

Computerverfahren auf der Grundlage von Molekülmodellen gewinnen in Biologie, biologischer Chemie und Biophysik zunehmend an Bedeutung. Da nur wenige Eigenschaften biomolekularer Systeme durch Messungen zugänglich sind, können Computersimulationen experimentelle Daten ergänzen, indem sie nicht nur Durchschnittswerte, sondern auch Verteilungen und Zeitreihen jeder bestimmbaren Größe liefern, z. B. Konformationsverteilungen oder Wechselwirkungen zwischen Teilen eines Systems. Die Anwendung moderner biomolekularer Modellierungsverfahren wird zurzeit durch vier grundlegende Probleme eingeschränkt: 1) das Kraftfeldproblem, 2) das Suchproblem, 3) das Ensembleproblem und 4) das Experimentalproblem. Diese vier Probleme werden anhand praktischer Beispiele erläutert, außerdem werden Lösungsperspektiven aufgezeigt.

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