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Protein Structure Similarity Clustering: Dynamic Treatment of PDB Structures Facilitates Clustering

Authors


  • This research was supported by the Max-Planck-Gesellschaft, the Deutsche Forschungsgemeinschaft, and the Fonds der Chemischen Industrie. D.B.B. thanks the Max-Planck-Gesellschaft (sabbatical stay), the American Heart Association (GIA 0650014Z), and NIH (CA 62034 and RR016544-01) for support. B.D.C. acknowledges a UCARE fellowship. R.G.M. acknowledges support from the NIH (CA 91885). We thank Dr. Ingrid R. Vetter for useful discussions. PDB=protein data bank.

Abstract

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In der Familie: Durch das Einführen des Ligandenandockens, der Moleküldynamik und des VAST-Algorithmus in das Bündeln von Proteinen ähnlicher Struktur wird der Prozess erheblich rationalisiert und lässt sonst unerkannte Beziehungen zu neuen Proteincluster-Partnern sichtbar werden. VAST=Vector Alignment Search Tool.

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