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i-Motif Formation with Locked Nucleic Acid (LNA)

Authors

  • Niti Kumar,

    1. Nucleic Acid Center, Department of Physics and Chemistry, University of Southern Denmark, Campusvej 55, 5230 Odense M, Denmark, Fax: (+45) 6615-8760
    2. Proteomics and Structural Biology Unit, Institute of Genomics and Integrative Biology, CSIR, Mall Road, New Delhi 110 007, India, Fax: (+91) 112-766-7471
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  • Jakob T. Nielsen Dr.,

    1. Nucleic Acid Center, Department of Physics and Chemistry, University of Southern Denmark, Campusvej 55, 5230 Odense M, Denmark, Fax: (+45) 6615-8760
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  • Souvik Maiti Dr.,

    1. Proteomics and Structural Biology Unit, Institute of Genomics and Integrative Biology, CSIR, Mall Road, New Delhi 110 007, India, Fax: (+91) 112-766-7471
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  • Michael Petersen Dr.

    1. Nucleic Acid Center, Department of Physics and Chemistry, University of Southern Denmark, Campusvej 55, 5230 Odense M, Denmark, Fax: (+45) 6615-8760
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  • We thank The Danish National Research Foundation and The Danish Centre for Scientific Computing for financial support and Joan Hansen for oligonucleotide synthesis. S.M. and N.K. acknowledge CSIR for funding. N.K. was supported by a Marie Curie Early Stage Research Training Fellowship of the Sixth Framework Programme of the European Community (MEST-CT-2004-504018). M.P. thanks Sarah Witzke for helpful discussions.

Abstract

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Tüpfelchen auf dem i: Das i-Motiv ist eine viersträngige DNA-Struktur bestehend aus interkalierten halbprotonierten C:C+-Basenpaaren. Wie durch CD-, UV- und NMR-Spektroskopie gezeigt wird, sind LNA-modifizierte TC5-Oligonucleotide in der Lage, stabile tetramere i-Motive bei niedrigen pH-Werten zu bilden (siehe Einblick in eine der schmalen Furchen einer solchen Struktur). Dies ist das erste Beispiel für die Stabilisierung eines i-Motivs durch ein Nucleinsäureanalogon, das ein 2′-ribo-Sauerstoffatom enthält.

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