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Dynamics in the p38α MAP Kinase–SB203580 Complex Observed by Liquid-State NMR Spectroscopy

Authors

  • Valerie S. Honndorf Dipl.-Chem.,

    1. Department of NMR-based Structural Biology, Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, Am Fassberg 11, 37077 Göttingen, Germany, Fax: (+49) 551-201-2202
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  • Nicolas Coudevylle Dr.,

    1. Department of NMR-based Structural Biology, Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, Am Fassberg 11, 37077 Göttingen, Germany, Fax: (+49) 551-201-2202
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  • Stefan Laufer Prof. Dr.,

    1. Department of Pharmaceutical and Medicinal Chemistry, Institute of Pharmacy, Eberhard-Karls-University, Auf der Morgenstelle 8, 72076 Tübingen, Germany
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  • Stefan Becker Dr.,

    1. Department of NMR-based Structural Biology, Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, Am Fassberg 11, 37077 Göttingen, Germany, Fax: (+49) 551-201-2202
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  • Christian Griesinger Prof. Dr.

    1. Department of NMR-based Structural Biology, Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, Am Fassberg 11, 37077 Göttingen, Germany, Fax: (+49) 551-201-2202
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  • MAP: mitogen-activated protein. We thank Prof. Dr. Thilo Stehle, Eberhard-Karls-University, Tübingen, for the clone of p38α MAPK. This work was supported by the Max Planck Society, the Deutsche Forschungsgemeinschaft (grant no.: GRK1034), and the Fonds der Chemischen Industrie.

Abstract

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Zunahme an Flexibilität: NMR-Daten der p38α-MAP-Kinase im Komplex mit dem Inhibitor SB203580 zeigen einen mittleren chemischen Austausch für die Aminosäuren in der Bindungstasche (die betreffenden Reste sind in der Struktur blau und rot markiert), was auf eine höhere Flexibilität gegenüber dem ungebundenen Protein hinweist. Den dipolaren Restkopplungen zufolge ist die Struktur von p38α in Lösung sehr ähnlich zur Kristallstruktur. Daraus folgt, dass die erhöhte Beweglichkeit in Lösung ein Effekt des Inhibitors ist.

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