Automatic generation of multistate capture-recapture models

Authors


Abstract

Nowadays multistate capture-recapture models are used extensively in biological studies. They feature movement parameters possibly associated with the quality of sites; they also allow a combination of different sources of information to improve the stability and the accuracy of the estimates. Model refinements potentially yield more precise information on biological status. The integration of extensive biological information in the model increases its complexity, however. Thus without an appropriate tool, model building and selection may be time consuming. In this paper, the author describes a tool called GEMACO dedicated to the automatic generation of design matrices for multistate models by means of a programming language. This symbolic and flexible tool avoids tedious matrix manipulations. It is well suited for the description of complex structures and has been implemented in a generic multistate program called M-SURGE freely available at http://www.cefe.cnrs.fr/BIOM/logiciels.htm

Abstract

Ge′ne′ration automatique de modeles multi-e′tats en capture-recapture

De nos jours, les modèles de capture-recapture multi-états sont largement utilisés dans les études biologiques. Ils permettent d'associer les mouvements des animaux à la qualité des sites géographiques; ils autorisent aussi l'intégration de différentes sources d'information susceptibles d'améliorer la stabilité et la précision des résultats. Le raffinement des modèles peut fournir des informations plus précises concernant la biologie des individus. Cependant, la complexité des modèles augmente avec l'intégration d'information biologique supplémentaire. Sans un outil approprié, la construction et la sélection de modèles peut donc s'avérer chronophage. Dans cet article, l'auteur décrit un outil appelé GEMACO pour la génération automatique de matrices de contraintes pour les modèles multi-états à l'aide d'un langage de programmation. Cet outil symbolique flexible permet d'éviter de fastidieuses manipulations matricielles. Il est bien adapté à la description de modèles complexes et est d'ores et déjà implanté dans un gratuiciel appelé M-SURGE disponible à http://www.cefe.cnrs.fr/BIOM/logiciels.htm.

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