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Abstract: Our objective was to survey genetic variability and examine population structure in the endangered Red-cockaded Woodpecker, a species whose distribution has been fragmented by land-use patterns. Sixteen presumptive gene loci were resolved from feather pulp of nestlings and adults from 26 populations rangewide. Mean heterozygosity in the Red-cockaded Woodpecker was 7.8% and ranged from 3.1%–10.3% across populations. Heterozygosity was significantly but weakly associated with population size; this association was dependent on low heterozygosity in two small populations. The percentage of polymorphic loci and mean number of alleles per locus were also positively correlated with population size. Relative to other species of birds, there is a large among-population component of genetic variance (Fst= 0.14). Genetic distance among populations increased with geographic distance. Although heterozygosity is reduced in some small populations, most exhibit “normal” levels. Small populations should therefore not be considered “lost causes” from the genetic standpoint. Small populations are important as reservoirs of unique genetic combinations and to help facilitate gene flow among larger populations.

Resumen: Nuestro objetivo fue el muestrear la variabilidad genética y examinar la estructura poblacional del Pajaro Carpintero, en peligro de extinción, Picoides borealis, una especie cuya distribución ha sido fragmentada por distintos patrones de uso de la tierra. Diez y seis supuestos loci de genes fueron resueltos a partir de la pulpa de plumas de pollos y adultos provenientes de 26 poblaciones. La heterocigosidad promedio del pájaro carpintero fue 7.8%, y varió entre poblaciones de un 3.1 a un 10.3%. La asociación entre heterocigosidad y tamaño poblacional fue significativa pero débil; esta asociación fue debida a la baja heterocigosidad en dos pequñas poblaciones. El porcentage de loci polimórficos y el número promedio de alelos por locus también estuvieron correlacionados con el tamaño poblacional. En comparación con otras especies de pájaros, el componente “entre poblaciones” de la variación genética fue grande (FST= 0.14). La distancia genética entre poblaciones aumentó con la distancia geográfica. Si bien la heterocigosidad de algunas poblaciones pequeñas es baja, la mayoría exhiben niveles “normales.” Por consiguiente, desde un punto de vista genético, las poblaciones pequeñas no deberían ser consideradas “causas perdidas.” Estas pequeñas poblaciones, son importantes reservorios de combinaciones genéticas únicas y ayudan a facilitar el flujo génico entre poblaciones mas grandes.