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The temperate rain forest of Chiloé Island, Chile, is inhabited by an endemic fox (Dusicyon fulvipes) first described by Charles Darwin and now designated Darwin’s fox. Despite morphological differences, Darwin’s fox has been considered only an insular subspecies of the mainland chilla fox (D. griseus). This follows the assumption that the island population, with an estimated population of less than 500, has been separated from the mainland chilla fox for only about 15,000 years and may have received occasional immigrants from the mainland. Consequently, this island population has not been protected as endangered or bred in captivity. Recently, a population of Darwin’s fox was discovered on the Chilean mainland 600 km north of Chiloé Island. This population exists in sympatry with chilla and possibly culpeo (D. culpaeus) foxes, which suggests that Darwin’s fox may be reproductively isolated. To clarify the phylogenetic position of Darwin’s fox, we analyzed 344 bp of mitochondrial DNA control-region sequence of the three species of Chilean foxes. Darwin’s foxes from the island and mainland populations compose a monophyletic group distinct from the two other Chilean fox species. This indicates that Darwin’s fox was probably an early inhabitant of central Chile, and that its present distribution on the mainland may be a relict of a once much wider distribution. Our results highlight the ability of molecular genetic techniques to uncover historical relationships masked by recent events, such as local extinctions. The “rediscovery” of Darwin’s fox as a distinct species implies that greater significance should be given to the protection of this species and its unique habitat and to documenting the extent of its mainland distribution.

Los bosques lluviosos templados de la isla de Chiloé, en Chile están habitados por un zorro endémico (Dusicyon fulvipes) que fué descrito por primera vez por Charles Darwin y que en la actualidad lleva el nombre de zorro de Darwin. A pesar de las diferencias morfológicas, el zorro de Darwin ha sido considerado sólo como una subespecie insular del zorro chilla (D. griseus) que habita en el continente. Esto se basa en la suposición de que la población de la isla, con un tamaño poblacional estimado inferior a 500 individuos, ha estado separada de los zorros chilla del continente por sólo unos 15,000 años y que podría haber recibido inmigrantes ocasionales del continente. En consecuencia, esta población insular no ha sido protegida como una especie en peligro, ni ha sido criada en cautiverio. Recientemente, una población de zorros de Darwin fue descubierta en la parte continental de Chile a unos 600 km al norte de la isla de Chiloé. Esta población existe en simpatria con los zorros chilla y posiblemente los zorros culpeo (D. culpaeus), lo que sugiere que los zorros de Darwin podrían estar aislados reproductivamente. A los efectos de clarificar la ubiación filogenética de los zorros de Darwin analizamos 344 pares de bases de la sequencia de la región control del ADN mitocondrial de las tres especies de zorros chilenos. Los zorros de Darwin de las poblaciones de la isla y del continente formaron un grupo monofilético distinto de las otras dos especies de zorros Chilenos. Esto indica que el zorro de Darwin fue probablemente un residente temprano de la región central de Chile y que su distribución presente en el continente sería un relicto de una distribución mucho mas amplia. Nuestros resultados resaltan la habilidad de las técnicas de genética molecular para revelar relaciones históricas que se encuentran mascaradas por eventos recientes, tales como extinciones locales. El redescubrimiento de los zorros de Darwin como una especie distinta, implica que se debe dar una mayor importancia a la protección de esta especie y de su hábitat particular, así como a la documentación de la amplitud de su distribución continental.