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The plight of the Snake River sockeye salmon presents a challenging genetic puzzle for conservation biologists. Although the Snake River sockeye has been declared endangered, assessment of captive breeding strategies are complicated because a healthy non-migratory strain of O. nerka (kokanee) resides in Redfish Lake, Idaho—the same lake the anadromous fish return to for spawning. The migration of 1-year-old fish (outmigrants) from the lake each year and the observation of non-migratory fish spawning in areas previously used by the sockeye further complicate the issue. We estimated the relatedness of these strains by direct examination of their genetic similarity. Mixed DNA fingerprint analyses suggested that the outmigrants were more closely related to the anadromous sockeye than to the kokanee. Closer analysis using a probe, One-HO.8, to examine allele frequencies at a single locus revealed polymorphism in a number of O. nerka populations. Within the Redfish Lake populations this probe detected an allele present at 0.21 frequency in the kokanee (n = 43), 0.01 (n = 324) in the outmigrants, and absent among 13 anadromous fish. These results support a close genetic relationship of the outmigrants to the anadromous sockeye and the probable utility of the outmigrants in a captive breeding program to restore the anadromous strain.

La amenaza que el salmón sockeye del río Snake representa un rompecabezas genético para biólogos conservacionistas. Aunque esta especie ha sido declarada en peligro, la evaluación de estrategias de reproducción en cautiverio son complicadas puesto que una población saludable de Oncorhynchus nerka (kokanee) reside en el lago Redfish, Idaho - el mismo lago al cual los peces anádromos retornan para desovar. La migración de peces de un año de edad (emigrantes) del lago cada año y la observación de desoves de peces no-migratorios en áreas previamente usadas por el sockeye complican aún mas este asunto. Estimamos la relacíon entre grupos examinando directamente su similitud genética. Analisis de huellas de DNA sugieren que los emigrantes estuvieron mas cercanos a los sockeye anádromos que a los kokanee. Un análisis mas cercano, utilizando la prueba uno-HO.8, para examinar frecuencias de alelos en un solo locus revela polimorfismo en un número de problaciones de O. nerka. Dentro de las poblaciones del lago, esta prueba detecta un alelo presente a la frecuencia 0.21 en kokanee (n = 43), 0.01 (n = 324) en los emigrantes y ausencia en 13 peces anádromos. Estos resultados soportan una relación genética cercana de los emigrantes con el anádromo sockeye y la probable utilidad de los emigrantes en un programa de reproducción en cautiverio para restablecer el grupo anádromo.