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The alligator snapping turtle ( Macroclemys temminckii) is a long-lived, slow-growing chelydrid turtle found in Gulf of Mexico drainages from Florida to Texas (U.S.A.). Populations are thought to be depleted throughout the range due in part to an increased harvest in the 1960s through 1980s. To identify population and evolutionary units, 420 base pairs were sequenced within the mitochondrial DNA control region of 158 specimens from 12 drainages. Results indicate substantial phylogeographic structuring and strong population-level separations among river drainages. Eight of 11 haplotypes were observed to be river-specific, providing diagnostic markers for most drainages. Three partitions are resolved in the mtDNA genealogy, corresponding to the eastern, central, and western portion of the species’ range. These separations coincide with recognized biogeographic provinces. The population structure by river system indicates that many drainages are distinct management units, with the Suwannee River lineage possibly deserving special attention, based on the criterion of genetic distinctiveness. The partitioning of M. temminckii into river-specific populations illustrates the management framework and conservation challenges that apply to a broad array of riverine species. Drainage-specific molecular markers may be used to identify the geographic origin of turtle products in the marketplace.

En la familia Chelydridae, Macroclemys temminckii es una tortuga de crecimiento lento y larga longevidad que se encuentra distribuida en las cuencas del Golfo de Mexico, desde Florida hasta Texas (U.S.A.). Se cree que las poblaciones de esta tortuga han disminuido debido a un aumento en la cacería, aproximadamente entre los años 1960s y 1980s. Con la finalidad de identificar las unidades poblacionales y evolutivas, se sequenciaron 420 pares de bases de la región control del ADN mitocondrial en 158 especimenes provenientes de 12 cuencas. Los resultados indican que entre las cuencas existe una estructura filogeográfica y una separación fuerte a nivel poblacional. Ocho de los 11 haplotipos son específicos para un río en particular y constituyen marcadores diagnósticos para la mayoría de las cuencas. Se resolvieron tres líneas evolutivas en la genealogía del ADN mitocondrial: las regiones este, central y oeste del alcance de la especie. Estas separaciones coinciden con provincias biogeográficas reconocidas. La estructura poblacional basada en cuencas riperinas indica que muchas de las cuencas constituyen unidades de manejo. La separación de M. temminckii en poblaciones río-específicas ilustra la necesidad de diseñar una infraestructura de manejo apropiada y refleja los retos que afronta la conservación. Marcadores moleculares específicos a una cuenca pueden ser utilizados para identificar el origen geográfico de productos provenientes de tortugas, los cuales se encuentran accesibles en el mercado.