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Genetic structure of the common impala (Aepyceros melampus melampus) in South Africa: phylogeography and implications for conservation

Genetische Struktur des Impalas (Aepyceros melampus melampus) in Südafrika: Phylogeographie und Implikationen für den Artenschutz

Authors


Corresponding author: Frank E. Zachos(frank.zachos@nhm-wien.ac.at)
Contributing authors: Patrick Schwab (patrick.schwab@giz.de), Paul V. Debes (paul.debes@dal.ca), Thorsten Witt (thorsten@t-witt.de), Günther B. Hartl (ghartl@zoologie.uni-kiel.de), San San Hmwe (sansan.hmwe@gmail.com), J. Paul Grobler (Groblerjp@ufs.ac.za)

Abstract

We analysed 131 common impala (Aepyceros melampus melampus) samples from two provinces in South Africa (Limpopo and KwaZulu-Natal) that are separated by the Drakensberg Mountain Range using sequences of the mitochondrial control region and seven polymorphic nuclear microsatellite loci. In line with earlier studies on bovid species, we found very high values of genetic diversity, particularly at the mtDNA locus with an overall nucleotide diversity of 3.6% and an overall haplotype diversity of 0.98. All statistical approaches confirmed a significant population differentiation between Limpopo and KwaZulu-Natal, suggesting that areas of unsuitable habitat caused by the presence of the Drakensberg Range and the Indian Ocean coastal belt act as a barrier to gene flow. Only few individuals with signs of admixed origin were indicative of translocations or rare migration between the two provinces. Combination of our mtDNA data set with those of previous studies on impala from south-western, southern and eastern Africa revealed the highest diversity in South Africa. This is in line with the hypothesis of a southern glacial refuge from which various African ungulate species spread northeast during the Holocene, although in the case of impala further analyses based on larger data sets will be necessary to definitively settle this question.

Zusammenfassung

Anhand genetischer Daten (mitochondriale Kontrollregion und sieben nukleare Mikrosatellitenloci) wurden 131 Impalas aus den durch die Drakensberge voneinander getrennten südafrikanischen Provinzen Limpopo und KwaZulu-Natal untersucht. Im Einklang mit früheren Studien an Boviden fanden wir eine sehr hohe genetische Variabilität, insbesondere für den mitochondrialen Locus mit Gesamtnukleotid- und Haplotypendiversitäten von 3.6% und 0.98. Sämtliche statistischen Ansätze zeigten eine signifikante Differenzierung zwischen Populationen aus Limpopo und KwaZulu-Natal. Insbesondere die Drakensberge scheinen als Migrationsbarriere zu wirken. Wenige Individuen zeigten genomische Anteile beider Provinzen, was auf seltenen natürlichen Genfluß oder Translokationen hinweist. Die Kombination unserer Daten mit denen früherer Studien an Impalas aus dem südwestlichen, südlichen und östlichen Afrika zeigten, daß die Art in Südafrika die höchste genetische Variabilität aufweist. Dies steht in Einklang mit der Hypothese eines südlichen Glazialrefugiums, aus dem sich verschiedene afrikanische Huftiere im Holozän nach Nordosten ausgebreitet haben.

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