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Assessing the Geographic Representativeness of Genebank Collections: the Case of Bolivian Wild Potatoes

Authors


* email r.hijmans@cgiar.org

Abstract

Abstract: Genebank collection databases can be used for ecogeographical studies under the assumption that the accessions are a geographically unbiased sample. We evaluated the representativeness of a collection of wild potatoes from Bolivia and defined and assessed four types of bias: species, species-area, hotspot, and infrastructure. Species bias is the sampling of some species more often than others. Species-area bias is a sampling that is disproportionate to the total area in which a species is found. Hotspot bias is the disproportionate sampling of areas with high levels of diversity. Infrastructure bias is the disproportionate sampling of areas near roads and towns. Each of these biases is present in the Bolivian wild potato collection. The infrastructure bias was strong: 60% of all wild potato accessions were collected within 2 km of a road, as opposed to 22%, if collections had been made randomly. This analysis can serve as a guide for future collecting trips. It can also provide baseline information for the application of genebank data in studies based on geographic information systems.

Abstract

Resumen: Las bases de datos de los bancos de germoplasma pueden ser usadas para estudios ecogeográficos bajo el supuesto que las entradas constituyen una muestra geográficamente imparcial. Evaluamos la representatividad geográfica de una colección de papas silvestres de Bolivia y definimos y evaluamos cuatro tipos de sesgos: sesgos de especie, de especie-área, de áreas con gran diversidad ( hotspot), y de infraestructura. El sesgo de especie implica el muestrear más algunas especies que otras. El sesgo de especie-área es un muestreo que es desproporcionado con respecto al total del área en la cual se encuentra una especie. El sesgo de “hotspot” es el muestreo desproporcionado de áreas con niveles altos de diversidad. El sesgo por infraestructura es aquel muestreo desproporcionado de áreas cercanas a carreteras y pueblos. Cada uno de estos sesgos se presenta en la colección de papas silvestres de Bolivia. El sesgo por infraestructura fue muy elevado: 60% de todas las entradas de papas silvestres fueron colectados dentro de un radio de 2 km de distancia de las carreteras, cuando se debería esperar un 22% si las colectas se hubieran hecho de manera aleatoria. Este análisis puede servir como guía para futuras exploraciones y proporciona una base para la aplicación de los datos de bancos de genes en estudios basados en sistemas de información geográfica.

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