Genealogical Analysis of a Closed Herd of Black Hairless Iberian Pigs

Authors

  • Miguel A. Toro,

    Corresponding author
    1. Departamento de Mejora Genética y Biotecnología, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Carretera La Coruña km. 7, 28040-Madrid, Spain
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  • Jaime Rodrigañez,

    1. Departamento de Mejora Genética y Biotecnología, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Carretera La Coruña km. 7, 28040-Madrid, Spain
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  • Luis Silio,

    1. Departamento de Mejora Genética y Biotecnología, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Carretera La Coruña km. 7, 28040-Madrid, Spain
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  • Carmen Rodriguez

    1. Departamento de Mejora Genética y Biotecnología, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Carretera La Coruña km. 7, 28040-Madrid, Spain
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* email toro@inia.es

Abstract

Abstract: Livestock breeds are recognized as important components of world biodiversity. The Iberian pig is a swine breed well adapted to the Mediterranean forest ecosystem and provides cured products of high quality. The ancient population of Iberian pigs ( Sus scrofa meridionalis) was differentiated in several local types, the black hairless pigs representing the fattest genetic type. The conservation program of the Guadyerbas strain has maintained this germplasm isolated since 1945 as a closed population in an experimental herd. The complete pedigree, with 1000 breeding animals descending from 24 founders, has been used to measure along the successive cohorts of breeding animals the effective number of founders, effective number of nonfounders, founder genome equivalents, and expected number of founders' surviving alleles. For the last cohort, the values were 10.34, 1.42, 1.25, and 4.06, respectively. The evolution of inbreeding and coancestry and its components attributable to each founder were also studied. The rate of increase in inbreeding and coancestry was 2.21% per cohort, or 0.906% per year. Finally, the effect of family structure and mating tactics on the evolution of coancestry was also analyzed. The greatest rates of coancestry per cohort were attributable to unbalanced family sizes, and the use of minimum coancestry matings effectively delayed the increase in inbreeding.

Abstract

Resumen: Las razas de ganado son consideradas como un componente importante de la biodiversidad mundial. El cerdo Ibérico es una raza de cerdos bien adaptada al ecosistema forestal del Mediterráneo y provee productos encurtidos de alta calidad. La población ancestral del cerdo Ibérico ( Sus scrofa meridionalis) era diferenciada en diversos tipos locales, siendo los cerdos lampiños negros los representantes del tipo genético más gordo. El programa de conservación de la variedad Guadyerbas ha mantenido su germoplasma aislado desde 1945 como una población cerrada en una manada experimental. El pedigrí completo con 1000 animales reproductores descendientes de 24 fundadores ha sido usado para medir a lo largo de cohortes sucesivas de animales reproductores el número efectivo de fundadores, el número efectivo de no-fundadores, el genoma fundador equivalente y el número esperado de alelos fundadores sobrevivientes. Para la última cohorte, los valores fueron 10.34, 1.42, 1.25 y 4.06, respectivamente. También estudiamos la evolución de endogamia y codescendencia y sus componentes debidos a cada fundador. La tasa de incremento en endogamia y codescendencia fue del 2.21% por cohorte, o el equivalente a 0.906 % por año. Finalmente, analizamos el efecto de la estructura familiar y las tácticas de apareamiento en la evolución de la codescendencia. Las tasas más grandes de codescendencia por cohorte fueron atribuibles a tamaños familiares desbalanceados y al uso mínimo de apareamientos de codescendientes, retardando efectivamente el incremento de la endogamia.

Ancillary